成为御影社土地神的是稚气未脱的女高中生·桃园奈奈生。某日，风神·乙比古带来了每年全国的神明们在出云集合召开的会议“神议”的请帖……

为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。

故事发生在维新政府建立之后的幕末时代。在一个小村庄里，生活着一位个性正直的少女神谷薰。村里有个名叫比留间五兵卫的男人，自称“拔刀斋”而到处作恶，阿薰为阻止五兵卫手持竹刀与之拼命，但却不是他的对手。五兵卫手起刀落，眼看阿薰性命难保，千钧一发之际，一位俊秀的红发剑士救下了她。 救下阿薰的剑心拿的是无法杀人的逆刃刀，却说自己就是杀人无数的“斩人拔刀斋”。阿薰对剑心产生了兴趣，她很想了解剑心的过去，想知道剑心为什么不再杀人，也希望剑心结束流浪生活，在自家的神谷道场安家，用剑去实现保护受苦受难之人的愿望……

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。